É um estuário extenso, com áreas significativas de bancos de vasa e sapais, a cerca de 50 km de Lisboa, sendo Setúbal a sua cidade principal mais próxima. O estuário encontra-se separado do mar por um longo cordão dunar – península de Tróia, e pode considerar-se constituído por duas regiões principais: a baía central de Setúbal e Marateca e o canal de Alcácer, este último com maior influência de água doce do rio Sado. A parte interior do estuário encontra-se rodeada de arrozais e caniçais, enquanto que a parte norte é densamente habitada e industrializada. Em redor do estuário abundam ainda as salinas e os arrozais, muitos dos quais transformados em pisciculturas. Na margem a nascente inclui-se na área uma zona muito extensa de montado de sobro, com algumas lagoas de água doce.

Protecção legal
Nacional: Reserva Natural do Estuário do Sado (Decreto-lei nº 430/80 de 1 de Outubro; 23.971 ha que incluem 20.011 ha da IBA); ZPE Estuário do Sado (PTZPE0011; Decreto-Lei nº 384-B/99 de 23 de Setembro; 24.633 ha coincidentes com a IBA); candidatura SIC Estuário do Sado (PTCON0011; Resolução de Conselho de Ministros nº 142/97, de 28 de Agosto; 30.986 ha, inclui 23.343 ha da IBA).
Internacional: ZPE Estuário do Sado; candidatura SIC Estuário do Sado; Sítio Ramsar (1996; 25.588 ha, inclui toda a IBA).

Intensificação agrícola (C), Aquacultura e pesca (A), Dragagens e canalização (B), Alterações no nível freático (C), Industrialização/urbanização (B), Infraestruturas (C), Fenómenos naturais (C), Recreio/turismo (C)