O sítio estende-se ao longo de uma faixa litoral e inclui duas lagoas costeiras – a Lagoa de Santo André e a Lagoa da Sancha - e um sistema de pequenas lagoas de água doce formadas em depressões dunares. As Lagoas de Santo André e da Sancha são exemplos representativos de lagoas costeiras de tipo mediterrânico, um dos tipos de zonas húmidas mais vulneráveis. A Lagoa de Santo André ocupa uma área aproximada de 500 ha, e é constituída pelo ‘corpo central’ da lagoa, com cerca de 150 ha, e por uma sucessão de pequenas lagoas, designadas por ‘poços’. A Lagoa da Sancha é uma lagoa costeira de dimensões mais reduzidas (15 ha). A vegetação das lagoas inclui manchas extensas de caniçais e juncais. Inserido no sistema dunar Tróia - Sines, o cordão dunar desta área estendendo-se ao longo de todo o litoral, para lá do qual praticamente toda a área é ocupada por pinhais extensos e mistos de Pinus pinea e Pinus pinaster.

Protecção legal
Nacional: Reserva Natural das Lagoas de Santo André e Sancha (Decreto Regulamentar nº 10/2000 de 22 de Agosto; 5.370 ha; inclui toda a IBA); ZPE Lagoa de Santo André (PTZPE0013; Decreto-Lei nº 384-B/99, de 23 de Setembro; 2.164 ha totalmente incluídos na IBA); ZPE Lagoa da Sancha (PTZPE0014; Decreto-Lei nº 384-B/99, de 23 de Setembro; 408 ha totalmente incluídos na IBA); SIC proposta Comporta/Costa da Galé (PTCON0034; Resolução de Conselho de Ministros nº 142/97 de 28 de Agosto; 32.051 ha, inclui toda a IBA).
Internacional: ZPE Lagoa de Santo André; ZPE Lagoa da Sancha; candidatura SIC Comporta/Costa da Galé; Sítio Ramsar (7PT008; 1996; limites coincidentes com a IBA).

agricultura/pesca (B); introdução de espécies exóticas (C); perturbação (B); industrialização/urbanização (B); infra-estruturas (B); recreio/turismo (B)